Instrument de genomică spațială care cartografiază interacțiunile ADN-ului pe distanțe lungi, păstrând pozițiile celulelor din interiorul țesutului

Acest articol a fost revizuit în conformitate cu procesul editorial și politicile Science X. Editorii au evidențiat următoarele aspecte, garantând în același timp fiabilitatea conținutului:

Verificarea realității a fost efectuată

Publicație recenzată de specialiști din domeniu

surs güvenilir

a fost verificat din punct de vedere gramatical și editat

ADN

ChinaGenetik

Tehnologia permite cercetătorilor să analizeze arhitectura cromatinică de nivel superior, integrând două abordări care păstrează contextul spațial al celulelor din țesuturi. Aceste abordări reprezintă o strategie de detectare a contactelor fără legare, de tip SPRITE, care utilizează microcanale mici pentru a atribui identificatori moleculari diferitelor poziții din țesut și care permite determinarea locului în care au loc interacțiunile specifice Cromatinice, detectând interacțiunile între regiunile de cromatină fără a conecta fizic fragmentele de ADN.

Studia au fost publicate în revista .

Dincolo de interacțiunile cromatine pe distanță scurtă

În ultimii ani, tehnologiile de genomică tridimensională la celule individuale au înregistrat progrese în înțelegerea conformației cromatinei. Totuși, aceste metode nu pot păstra poziția spațială a celulelor în cadrul țesuturilor, ceea ce îngreunează investigarea modului în care arhitectura genomului reglează expresia genică în mediile celulare naturale.

În ultimul timp, tehnologiile de genomică spațială 3D dezvoltate au adoptat strategii Hi-C dependente de ligatură, care detectează în principal interacțiunile de cromatină pe distanță scurtă, în interiorul unui segment de 10 megabaze (Mb).

Pentru a depăși aceste limitări, cercetătorii au aplicat SpaceA pe nouă secțiuni de embrioni de șoarece, acoperind patru etape de dezvoltare care se întind de la ziua 11,5 la ziua 14,5 embrionară (E11.5-E14.5) și au generat aproximativ 4 TB de date de secvențiare adâncă pentru a caracteriza modificările din conformația cromatinei în timpul dezvoltării embionare.

Deplasamentele cromatine în timpul dezvoltării embrionice

Cercetătorii au descoperit că, folosind SpaceA, compartimentele A/B suferă o schimbare dramatică de la E12.5 la E13.5, iar aceasta are loc simultan cu schimbări transcriptomice profunde.

Echipa a descoperit, de asemenea, un mecanism diferit de formare a cromatinei care funcționează independent de definirea clasicei compartimentări A/B. Interacțiunile pe distanță medie (10–40 Mb) s-au intensificat în mod semnificativ, interacțiunile între compartimente vecine s-au întărit, iar interacțiunile pe distanță lungă intercromosomale (>40 Mb) s-au slăbit.

Mikroscoapa, evidențiind lipirea heterocromatinei în nucleii celulelor hepatice, a oferit dovezi suplimentare cu privire la această structură a cromatinei distinctă, care a fost observată împreună cu o reducere globală a expresiei genice. Această tendință diferă de modelul clasic, în care expresia genică este stimulată prin schimbarea divizării A/B sau prin interacțiuni intra-divizare.

Yuang Ma și colab., Arhitectura genomului rezolvată spațial în dezvoltarea embrionară la șoarece, (2026). DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004

Furnizat de Academia de Științe a Chinei

Swati Mestri deține o licență în domeniul Ingineriei Electronice și activează ca editor de conținut din 2019. Are experiență în editarea documentației de cercetare în domeniile tehnologiei, sănătății și științei materialelor, având o deosebită interes față de subiectele legate de tehnologie și spațiu.

Profilul complet →

Deține o licență în biologie matematică și un masterat în scriere creativă. Este o persoană călătoare, care oferă perspective originale asupra științei și limbajului. Vezi profilul complet →

Feedback către editori