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技术通过结合两种方法，使研究者能够在保持组织中细胞空间背景的同时，研究更高层次的染色质架构。这些方法利用微流控空间条形码技术，通过微小液体通道将分子标识分配到不同组织位置，从而确定特定染色质相互作用的发生位置；同时采用类似SPRITE的无连接接触检测策略，在不物理连接DNA片段的情况下检测染色质区域之间的相互作用。
这项研究已在期刊上发表。
超越短程染色质相互作用
近年来，单细胞三维基因组学技术在理解染色质构象方面取得了进展。然而，由于这些方法无法保持细胞在组织中的空间位置，使得研究基因组结构在自然细胞环境中如何调控基因表达变得困难。
近年来开发的空三维基因组技术主要采用基于连接的Hi-C策略，用于检测10兆碱基（Mb）范围内的短距离染色质相互作用。
为克服这些限制，研究人员将 SpaceA 应用于九只小鼠胚胎切片，涵盖了从胚胎第 11.5 天到第 14.5 天（E11.5-E14.5）的四个发育阶段，并在胚胎发育过程中生成了约 4 TB 的深层测序数据，以刻画染色质构象的变化。
胚胎发育过程中的染色质重塑
研究人员利用 SpaceA 发现，A/B 区室（compartments）从胚胎第 12.5 天（E12.5）到第 13.5 天（E13.5）经历了剧烈变化，并且这一变化与深层转录组学变化同步发生。
该团队还发现了一种独立于经典A/B区室识别机制的染色质构建机制，该机制在胚胎性肝脏中独立运作。中等距离相互作用（10–40 Mb）显著增强，相邻区室之间的相互作用增强，而长距离染色体间相互作用（>40 Mb）减弱。
显微镜观察进一步揭示了肝细胞核内异染色质的粘连现象，为这种不同的染色质结构提供了额外证据；该结构与基因表达的整体性下降相伴出现。这一模式与经典模型不同，在经典模型中，基因表达是通过A/B区室转换或区室内部相互作用来促进的。
马强等，《小鼠胚胎发育中的空间分辨基因组结构》，《发育细胞》（2026年）。DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004
由中国科学院提供
斯瓦蒂·梅斯特里拥有电子工程学士学位，自2019年起担任内容编辑。她在技术、健康和材料科学领域的研究文档编辑方面经验丰富，尤其对科技和太空主题充满兴趣。
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拥有数学生物学学士学位和创意写作硕士学位。他是一位游历广泛的人，为科学和语言提供了独特的视角。查看完整个人资料 →
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