Een instrument voor ruimtelijke genomica dat langeafstand-DNA-interacties in kaart brengt door de posities van cellen binnen de dook te behouden

Dit artikel is herzien volgens het redactionele proces en de beleidsregels van Science X. De redacteurs hebben de volgende kenmerken benadrukt terwijl ze de betrouwbaarheid van de inhoud garandeerden:

De realiteitscontrole is uitgevoerd.

Peer-reviewed publicatie

bet365 is een van de grootste en meest gerenommeerde online casino’s en sportweddenschappen ter wereld. Het bedrijf is opgericht in 1998 en heeft zijn hoofdkantoor in het Verenigd Koninkrijk. bet365 staat bekend om zijn brede scala aan weddenschappen, veilige en betrouwbare omgeving en uitstekende klantenservice.

gecorrigeerd op grammatica en tekstverwerking

DNA

ChinaGenetica

Technologie maakt het mogelijk voor onderzoekers om de hogere niveaus van chromatinearchitectuur te onderzoeken, terwijl de ruimtelijke context van cellen in weefsels behouden blijft, door twee benaderingen te combineren. Deze benaderingen zijn microstroomkanalen die moleculaire identificatoren toewijzen aan verschillende locaties in het weefsel, waardoor microfluidische ruimtelijke codering de locatie van specifieke chromatinteracties kan vaststellen, terwijl SPRITE-achtige ligatievrije contactdetectiestrategie interacties tussen chromatineregions detecteert zonder fysieke verbinding van DNA-fragmenten.

Het onderzoek is gepubliceerd in het tijdschrift .

Voorbij de korte-afstand chromatine-interacties

In de afgelopen jaren hebben enkelcellulaire 3D-genomiektechnologieën vooruitgang geboekt bij het begrijpen van de chromatinconformatie. Echter, aangezien deze methoden de ruimtelijke positie van cellen binnen weefsels niet kunnen behouden, wordt het moeilijk om te onderzoeken hoe de genomische architectuur de genexpressie reguleert in de natuurlijke cellulaire omgevingen.

In de recente jaren ontwikkelde technologieën voor 3D-mekânsal genomiek hebben de ligatiegebaseerde Hi-C-strategieën omarmd, die voornamelijk korte-reekskromatineinteracties binnen 10 megabasen (Mb) detecteren.

Om deze beperkingen weg te nemen, pasten onderzoekers SpaceA toe op negen muisembryo-secties die vier ontwikkelingsfasen beslaan, van embryonaal dag 11,5 tot en met dag 14,5 (E11,5-E14,5), en genereerden ongeveer 4 TB aan diepe sequencinggegevens om de veranderingen in chromatineconformatie tijdens de embryonale ontwikkeling te beschrijven.

Kromatineverschuivingen tijdens de embryonale ontwikkeling

Onderzoekers ontdekten dat A/B-compartments met behulp van SpaceA een dramatische verandering ondergaan van E12.5 tot E13.5 en dat dit gelijktijdig plaatsvindt met diepe transcriptomische veranderingen.

Het team ontdekte ook een mechanisme voor chromatineformatie dat onafhankelijk werkt van de klassieke A/B-compartmentidentificatie. Middellange afstanden tussen interacties (10-40 Mb) namen duidelijk toe, interacties tussen aangrenzende compartments versterkten zich, terwijl langeafstands interacties tussen chromosomen (>40 Mb) afnamen.

Mikroskopi, karaciğer hücrelerinin çekirdeklerinde heterokromatin yapışmasını ortaya koyarak bu farklı kromatin yapısına dair ek kanıt sundu; bu yapı, gen ifadesinde küresel bir azalmayla birlikte görüldü. Bu örüntü, gen ifadesinin A/B bölme değişimi ya da bölme içi etkileşimler aracılığıyla teşvik edildiği klasik modelden farklıdır.

Yuang Ma en collega’s, Ruimtelijke resolutie van de genoomarchitectuur tijdens de embryonale ontwikkeling van muizen, (2026). DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004

Biedergeleverd door de Chinese Academie van Wetenschappen

Swati Mestri beschikt over een bachelorgraad in de elektronica-engineering en werkt sinds 2019 als content-editor. Zij heeft ervaring met het redigeren van onderzoeksdocumenten op het gebied van technologie, gezondheidszorg en materiaalkunde, met name geïnteresseerd in de thema’s technologie en ruimtevaart.

Volledig profiel →

Ze heeft een bachelorgraad in wiskundige biologie en een mastergraad in creatief schrijven. Ze is een veelreizende persoon die originele perspectieven biedt op zowel wetenschap als taal. Profiel volledig bekijken →

Feedback aan redacteuren