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この技術は、2つのアプローチを組み合わせることで、研究者が組織内の細胞の空間的コンテキストを維持したまま、より高次なクロマチン構造を調べることができるようにする。これらのアプローチは、組織の異なる位置に分子マーカーを割り当てるために微小な液体チャネルを使用し、特定のクロマチン相互作用がどこで起こるかを特定できるマイクロフローチップによる空間的バーコード化と、DNA断片を物理的に結合させることなくクロマチン領域間の相互作用を検出するSPRITEに類似したリゲーション不要の接触検出戦略である。
研究は誌に発表された。
近距離クロマチン相互作用の彼方へ
近年、単一細胞3Dゲノム技術は、クロマチンコンフォメーションの解明において進歩を遂げてきました。しかし、これらの方法は細胞の組織内における空間的位置を保持できないため、ゲノムアーキテクチャが自然な細胞環境において遺伝子発達をどのように制御しているのかを調べることを困難にしています。
近年開発されたメカンスパル3Dゲノム技術は、主に10メガベースペア（Mb）以内の短距離クロマチン相互作用を検出するリゲーションベースのHi-C戦略を採用している。
研究者たちはこれらの制限を解消するため、SpaceAを9つのマウス胚の断片に適用し、胚性11.5日目から14.5日目（E11.5-E14.5）にわたる4つの発育段階を網羅し、胚性発育過程におけるクロマチン構造の変化を解明するために約4TBのディープシーケンシングデータを生成した。
胚発達過程におけるクロマチンのシフト
研究者たちは、SpaceAを用いてA/B区画（compartments）がE12.5からE13.5にかけて劇的な変化を遂げ、これが深いトランスクリプトーム的変化と同時刻に起こることを発見した。
また、研究チームは、従来のA/B区画分類とは独立に機能し、胚性肝臓において異なるクロマチン形成メカニズムを発見した。中距離相互作用（10〜40 Mb）が顕著に増加する一方、隣接する区画間の相互作用は強化され、長距離の染色体間相互作用（40 Mb以上）は弱化した。
顕微鏡観察は、肝細胞核におけるヘテロクロマチンの付着を明らかにし、この異なるクロマチン構造に関する追加の証拠を提供しました。この構造は、遺伝子発現の世界的な減少を伴って観察されました。このパターンは、遺伝子発現がA/B区画変化または区画内相互作用を通じて促進される古典的なモデルとは異なります。
Yuang Maおよび共著者、「Spatially resolved genome architecture in mouse embryonic development（マウス胚発生における空間分解能ゲノムアーキテクチャ）」、『Developmental Cell』（2026年）。DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004
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スワティ・メストリは、電子工学の学士号を保有し、2019年からコンテンツ編集者として活動しています。テクノロジー、医療、材料科学の分野における研究文書の編集経験を持ち、特にテクノロジーや宇宙の話題に強い関心を寄せています。
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数学生物学の分野で学士号、クリエイティブライティングの分野で修士号を取得している。科学と言語に関する独創的な見解を提供する、旅を愛する人物である。プロフィール全体 →
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