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La tecnologia consente ai ricercatori di esaminare l’architettura cromatinica di livello superiore integrando due approcci, preservando il contesto spaziale delle cellule nei tessuti. Questi approcci rappresentano una strategia di rilevamento del contatto senza ligazione simile a SPRITE: il primo utilizza piccoli canali fluidici per assegnare identificatori molecolari a diverse posizioni del tessuto, permettendo di determinare dove avvengono specifiche interazioni cromatiniche; il secondo, invece, identifica le interazioni tra regioni cromatiniche senza unire fisicamente i frammenti di DNA.
La ricerca è stata pubblicata sulla rivista .
Oltre le interazioni cromatiniche a breve distanza
Negli ultimi anni, le tecnologie di genomica 3B single-cell hanno registrato progressi nella comprensione della conformazione della cromatina. Tuttavia, poiché questi metodi non sono in grado di preservare la posizione spaziale delle cellule all’interno dei tessuti, rendono difficile studiare come l’architettura del genome regoli l’espressione genica negli ambienti cellulari naturali.
Gli approcci Hi-C basati sulla ligazione, sviluppati di recente, si sono concentrati principalmente nell’individuare interazioni cromatiniche a breve distanza, entro 10 megabasi (Mb).
Per superare queste limitazioni, i ricercatori hanno applicato SpaceA a nove sezioni di embrioni di topo, coprendo quattro fasi di sviluppo che si estendono dal giorno embryologico 11,5 al 14,5 (E11.5-E14.5), producendo circa 4 TB di dati di sequenziamento profondo per descrivere le variazioni nella conformazione della cromatina durante lo sviluppo embryologico.
Spostamenti della cromatina durante lo sviluppo embrionale
Gli ricercatori, utilizzando SpaceA, hanno scoperto che i compartimenti degli A/B subiscono un cambiamento drastico dall’E12.5 all’E13.5 e che ciò avviene in concomitanza con profondi cambiamenti trascrittomici.
L’equipaggio ha inoltre scoperto un meccanismo di formazione della cromatina diverso nel feto epatico, che funziona indipendentemente dalla definizione classica della divisione A/B. Mentre le interazioni a media distanza (10-40 Mb) aumentavano in modo significativo, le interazioni tra le regioni adiacenti si sono rafforzate e le interazioni cromosomiche a lunga distanza (>40 Mb) si sono indebolite.
La microscopia ha evidenziato l’aggregazione dell’eterocromatinà nei nuclei delle cellule epatiche, fornendo ulteriore conferma di questa diversa architettura cromatinica, che si è accompagnata a una riduzione globale dell’espressione genica. Tale modello differisce dal modello classico, in cui l’espressione genica è favorita tramite il cambio di compartmentalizzazione A/B o tramite interazioni intra-compartmento.
Yuang Ma e colleghi, “Spatially resolved genome architecture in mouse embryonic development”, (2026). DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004
Fornito dall’Accademia Cinese delle Scienze
Swati Mestri possiede una laurea in ingegneria elettronica e lavora come editrice di contenuti dal 2019. Dispone di esperienza nella revisione di documenti di ricerca nei campi della tecnologia, della salute e della scienza dei materiali, con particolare interesse per i temi legati alla tecnologia e allo spazio.
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È titolare di una laurea in biologia matematica e di un master in scrittura creativa. È un viaggiatore esperto che offre prospettive originali sulla scienza e sul linguaggio. → Vai al profilo completo
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