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तकनीक दो दृष्टिकोणों को जोड़कर शोधियाँों को कोशिकाओं के बीच की स्थानिक जाँच करते समय ऊतकों में कोशिकाओं के मकाँात्मक संदर्भ को बनाए रखते हुआँ क्रोमैटिन की उच्च स्तरीय मिमारिस की जाँच करने में सहायता करती है। ये दृष्टिकोण माइक्रोफ्लुइडिक मकाँात्मक बारकोडिंग के माध्यम से छोटे द्रव चैनलों का उपयोग करके ऊतक के विभिन्न स्थानों में आणविक पहचानकारकों को अस्पष्ट करते हैं और वास्तविक क्रोमैटिन प्रतिक्रियाओं का पता लगाने की क्षमता देते हैं, जबकि SPRITE जैसे लिगेन्स-मुक संपर्क पहचान रणनीतियाँ डीएनए के टुकड़ों को भौतिक रूप से जोड़े बिना क्रोमैटिन क्षेत्रों के बीच प्रतिक्रियाओं का पता लगाती हैं।
अनुसंधान पत्रिका में प्रकाशित किया गया।
कम दूरी वाले क्रोमैटिन प्रतिचारों से परे
पिछले कुछ वर्षों में एक-कोशिकीय 3B जीनोमिक तकनीकें क्रोमाटिन कॉनफ़ॉर्मेशन को समझने में प्रगति करी हैं। हालांकि, ये विधियाँ कोशिकाओं के बाफ़ीयों (टिश्यू) के भीतर मौजूद मेकानीस्थानिक स्थानों को बनाए नहीं रख पाती हैं, जिसके कारण जीनोम संरचना के द्वारा प्राकृतिक कोशिकीय वातावरणों में जीन अभिव्यक्ति के नियामन को परिष्कता से देखना कठिन हो जाता है।
हाल ही में विकसित किए गए स्थानिक 3B जीनोमिक तकनीकें, जो मुख्यतः 10 मेगाबेस (Mb) के अंदर की छोटी रेंज के क्रोमैटिन प्रभावों का पता लगाने वाले लिगेशन-आधारित Hi-C रणनीतियों पर आधारित हैं।
इन सीमाओं को दूर करने के लिए अनुसंधानकर्ताओं ने SpaceA को नौ मांजर भ्रूण काटों पर लगाया, जो भ्रूणीय विकास के चार चरणों—11.5 दिन से 14.5 दिन (E11.5-E14.5) तक फैले हुए—को कवर करते हैं, और क्रोमैटिन संरचना में होने वाले परिवर्तनों को परिभाषित करने के लिए लगभग 4 TB गहरे सीक्वेंसिंग डेटा उत्पन्न किया।
भ्रूणीय विकास के दौरान क्रोमैटिन मुावत
अनुसंधानकर्ताओं ने SpaceA का उपयोग करके यह खोजा कि A/B कम्पार्टमेंट्स E12.5 से E13.5 तक एक नाटकीय परिवर्तन से गुजरते हैं, और यह कि यह परिवर्तन गहरे ट्रांसक्रिप्टोमिक परिवर्तनों के साथ समकालिक रूप से घटित होता है।
टीम ने इसके अलावा, क्लासिक A/B बॉक्स विभाजन से स्वतंत्र रूप से कार्य करने वाले एक नए क्रोमैटिन निर्माण तंत्रपत्ति की खोज की। मध्य-दूरत्व इंटरैक्शन (10–40 Mb) उल्लेखनीय रूप से बढ़ गए, पड़ोसी बॉक्सों के बीच इंटरैक्शन मजबूत हो गए और दीर्घ-दूरत्व क्रोमोसोमल इंटरैक्शन (>40 Mb) कमजोर हो गए।
सूक्ष्दर्शीकरण के माध्यम से, यकृत कोशिकाओं के न्यूक्लियस में हेटेरोक्रोमेटिन चिपकने को उजागर करके इस विभिन्न क्रोमेटिन संरचना के बारे में अतिरिक्त पुरावे प्रदान किए गए; यह संरचना जीन अभिव्यक्ति में व्यापक घटना के साथ देखी गई। यह पैटरी क्लासिक मॉडल से अलग है, जिसमें जीन अभिव्यक्ति को A/B विभाजन परिवर्तन या विभाजन-आंतरिक प्रतिक्रियाओं के माध्यम से उत्प्रेरित किया जाता है।
युआंग मा और सहयोगी, माउस भ्रूणीय विकास में स्थानिक रूप से हल किया गया जीनोम आर्किटेक्चर, (2026). DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004
चीनी विज्ञान अकादमी द्वारा प्रदत्त
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