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La technologie permet aux chercheurs d’explorer l’architecture chromatinique de niveau supérieur tout en préservant le contexte spatial des cellules au sein des tissus, en combinant deux approches. Ces approches reposent d’une part sur le codage spatial par microfluidique, qui utilise de petits canaux liquides pour attribuer des identifiants moléculaires à différentes régions du tissu et permettre l’identification de l’endroit où se produisent les interactions chromatiniques spécifiques, et d’autre part sur une stratégie de détection des contacts sans ligature, similaire au SPRITE, qui détecte les interactions entre régions chromatiniques sans assembler physiquement les fragments d’ADN.
La recherche a été publiée dans la revue .
Au-delà des interactions de chromatine à courte portée
Ces années, les technologies de génomique 3B à cellule unique ont enregistré des progrès dans la compréhension de la conformation de la chromatine. Cependant, ces méthodes ne parviennent pas à préserver la position spatiale des cellules au sein des tissus, ce qui rend difficile l’étude de la façon dont l’architecture du génome régule l’expression génique dans les environnements cellulaires naturels.
Ces récents développements dans les technologies de génomique spatiale 3D ont adopté des stratégies Hi-C basées sur la ligaison, qui détectent principalement les interactions chromatiennes à courte portée, dans une limite de 10 mégabases (Mb).
Pour lever ces limitations, les chercheurs ont appliqué SpaceA à neuf coupes d’embryons de souris couvrant quatre étapes du développement s’étendant du jour embryonnaire 11,5 au jour 14,5 (E11,5-E14,5), et ont généré environ 4 TB de données de séquençage en profondeur afin de caractériser les changements de conformation de la chromatine pendant le développement embryonnaire.
Déplacements de la chromatine au cours du développement embryonnaire
Les chercheurs ont découvert qu’en utilisant SpaceA, les compartiments subissaient un changement dramatique de E12,5 à E13,5, et que cela se produisait en même temps que des changements transcriptomiques profonds.
L’équipe a également découvert un mécanisme de formation de la chromatine différent dans le foie embryonnaire, fonctionnant indépendamment de la détermination du compartimentage classique A/B. Les interactions à distance moyenne (10-40 Mb) ont augmenté de façon marquée, les interactions entre compartiments voisins se sont renforcées, tandis que les interactions interchromosomiques à longue distance (>40 Mb) se sont affaiblies.
La microscopie a mis en évidence l’agrégation de l’hétérochromatine dans les noyaux des cellules hépatiques, apportant une preuve supplémentaire concernant cette architecture chromatosomique particulière ; celle-ci s’est accompagnée d’une diminution globale de l’expression génique. Cette disposition diffère du modèle classique, dans lequel l’expression génique est favorisée par le changement de compartimentation A/B ou par les interactions intra-compartimentaires.
Yuang Ma et al., « Architecture du génome à résolution spatiale lors du développement embryonnaire de la souris », (2026). DOI : 10.1016/j.devcel.2026.09.004
Fourni par l’Académie des sciences de Chine
Swati Mestri possède un diplôme de licence en génie électronique et exerce en tant qu’éditrice de contenu depuis 2019. Elle dispose d’une expérience dans l’édition de documents de recherche dans les domaines de la technologie, de la santé et de la science des matériaux, et s’intéresse particulièrement aux sujets liés à la technologie et à l’astronautique.
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Elle possède un diplôme de premier cycle en biologie mathématique et un diplôme de deuxième année en écriture créative. Elle se distingue par ses perspectives originales sur la science et le langage, et a voyagé à travers le monde. Voir le profil complet →
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